问题
公司自然人股东允许减资退股吗？减资有个税吗？减资如何账务处理？
答复
答复一
减资退股是允许的，但是提醒你，减资的程序必须合法，应严格按照《公司法》等法律法规中关于减资的规定进行，例如需经代表三分之二以上表决权的股东通过减资决议，形成全体股东签署的股东会决议，必须编制资产负债表及财产清单，登报及通知已知的债权人等。
参考政策：
1、《中华人民共和国公司法》第四十三条规定，股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。
股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
2、《公司登记管理条例》第三十一条规定，公司减少注册资本的，应当自公告之日起45日后申请变更登记，并应当提交公司在报纸上登载公司减少注册资本公告的有关证明和公司债务清偿或者债务担保情况的说明。
答复二
自然人股东减资也要注意个税风险，股东减资其实就是国税2014年67号公告中的公司回购股权，应按照67号公告来执行。若是减资对价不公允，低于对应的净资产，税务机关有权要求按照净资产来核定收入。也就是账面上存在大量未分配利润、有大额资产等，同样面临减资价格被税务局按照净资产比例法核定的风险。具体减资个税的计算按照国家税务总局公告2011年第41号：在减资时，股东应该用所有减资对价与原始投资成本之间差额按照财产转让所得20%征收个税。
参考政策：
《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局2011年第41号公告）第一条规定，个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费
答复三
自然人股东减资（实质性减资）的会计处理，减资款项大于所减少的实收资本的金额，依次冲减资本公积（资本溢价）、盈余公积、未分配利润：
借：实收资本-自然人
贷：银行存款
答复四
自然人股东减资，不退还已缴的印花税。
参考政策：
1、《中华人民共和国印花税法》第十一条规定：“已缴纳印花税的营业账簿，以后年度记载的实收资本（股本）、资本公积合计金额比已缴纳印花税的实收资本（股本）、资本公积合计金额增加的，按照增加部分计算应纳税额。”
2、《财政部 税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2022年第22号）关于退税的具体情形，仅明确了应税合同、应税产权转移书据变更后所列金额减少的，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税，同时规定：“纳税人多贴的印花税票，不予退税及抵缴税款。”
但是注意，如果是应税合同、产权转移书据未履行的，那么已缴纳的印花税不予退还及抵缴税款。
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